Lata 90. to okres intensywnych przemian w kraju, dużo zmieniło się także w szkolnictwie wyższym, zmiany nie ominęły Wyższej Szkoły Pedagogicznej, której profil działalności od lat 70. znacznie ewoluował i stracił charakter szkoły stricte pedagogicznej. Coraz częściej pojawiały się głosy, że w Bydgoszczy powinien powstać uniwersytet!

Jako anegdotę można przytoczyć wzmiankę z początku lat 80. 31 marca 1982 r. prasa poinformowała o decyzji, która zapdła w Ministerstwie Nauki, Szkolnictwa Wyższego i Techniki. Dotyczyła ona likwidacji z dniem 1 czerwca WSP w Bydgoszczy. Jej miejsce miał zająć Uniwersytet Bydgoski ustanowiony na bazie i kadrach WSP. Nowa uczelnia miała mieć Audytorium Maximum w budynku po byłej hali targowej przy ul. Magdzińskiego. Wprawdzie był to tylko żart primaaprilisowy! Pokazuje jednak jak silna była potrezba powołania Uniwersytetu w Bydgoszczy!

Od tej pory także kolejni rektorzy coraz mocniej zabiegali o zmianę charakteru uczelni. 12 maja 1993 r. prof. dr hab. A. Tchorzewski został wybrany na kolejną kadencję. 13 maja 1996 r. rektorem WSP wybrano prof. dr hab. Józefa Banaszaka.

W latach 90. na łamach prasy toczyła się ogromna dyskusja na temat utworzenia uniwersytetu w Bydgoszczy, wypowiadali się zwolnennicy i przeciwnicy, pojawiły się różne koncepcje dążenia do realizacji tej idei.

W 1994 roku został utworzony Społeczny Komitet ds. Powołania Uniwersytetu w Bydgoszczy. Znalazło się w nim 25 osób, reprezentujących rózne środowiska. Na patrona uczelni wybrano króla Kazimierza Wielkiego. W pierwotnych założeniach planowano by uniwersytet powstał z bydgoskiej WSP i wydziału rolniczego Akademii Techniczno-Rolniczej. W Gazecie Regionalnej nr 49 z 28 lutego 1994 r. pisano: - Bydgoszcz ma wystarczający potencjał intelektualny, aby posiadać własny uniwersytet - mówi przewodniczący komisji kultury i nauki bydgoskiej rady miejskiej Stefan Pastuszewski. - Tymczasem koncepcja uniwersytetu bydgosko-toruńskiego jest nierealna głównie ze względu na odległość pomiędzy miastami.
Jak twierdzą pomysłodawcy projektu, uniwersytet bydgoski nie będzie konkurencyjny wobec pobliskiego UMK. - Będzie nie konkurencyjny, ale komplementarny - wyjaśnia Pastuszewski. - W Bydgoszczy mają bowiem powstać kierunki, których w Toruniu nie ma - np. psychologia czy ekologia.
Ustalono, że patronem nowej uczelni będzie król Kazimierz Wielki. - Król ten pozostaje nadal jakby nie doceniony - mówi Pastuszewski. - To przecież on założył uczelnię krakowską, a pomimo to nazywa się ona dzisiaj „jagiellońską”. Poza tym to właśnie Kazimierz Wielki nadał prawa miejskie Bydgoszczy.
- Chcielibyśmy, aby powstanie naszego uniwersytetu zbiegło się z obchodami 650-lecia nadania Bydgoszczy praw miejskich. - powiedzial nam prof. Henryk Gasiul z WSP.

O planach uniwersyteckich mówił także Rektor WSP prof. dr hab. Andrzej de Tchorzewski w rozmowie z Hanną Antczak opublikowanej 3 października 1994 r. w Ilustrowanym Kurierze Polskim, nr 191 pod znaczącym tytułem: Z uniwersytetem czy bez? W nowe ćwierćwiecze.
- Integracja uczelni nie jest ideą nową. Inicjatywa zrodziła się w 1992 roku. Myślę, że w czterystutysięcznym mieście, jakim jest Bydgoszcz, powołanie uniwersytetu jest naturalną potrzebą. Jako uczelnia miałby on większe możliwości skupienia kadry naukowej, co dałoby szansę stworzenia nowych kierunków studiów i lepsze możliwości badań naukowych. Byłaby to uczelnia bliska społeczności miasta, dająca większe szanse młodzieży, która nie musiałaby szukać interesujących ją kierunków studiów daleko od domu rodzinnego. Wiązałoby się to też ze znacznym obniżeniem kosztów utrzymania studenta. Jeżeli jednak nie zaistnieją warunki stworzenia uniwersytetu na bazie bydgoskich uczelni lub ich części, to i tak WSP, jeżeli tylko nadal będzie rozwijać się tak dynamicznie jak dotychczas, w pewnym momencie sama spełni warunki uczelni o charakterze uniwersyteckim. Przyrost i rozwój kadry naukowej, wielokierunkowe badania interdyscyplinarne, współpraca z ośrodkami zagranicznymi to bieżący nurt naszego życia akademickiego.

O początkach drogi do uniwersytetu mówił prof. dr hab. Edmund Trempala w artykule: Liczymy na naszych absolwentów w Expressie Bydgoskim nr 2014 z 20 października 1994 r.
- O uniwersytercie w Bydgoszczy myślano od dawna. Już nawet w latach 60. Była powołana specjalna komisja do spraw integracji uczelni bydgoskich. Ze strony władz lokalnych była pełna gotowość do zapewnienia odpowiednich warunków materialnych. Ale musiał być odpowiedni potencjał naukowy. Jest teraz, jest baza materialna, ale nie ma dobrych chęci. Nie da się zrobić uniwersytetu drogą administracyjną. Uczelnie są w pełni autonomiczne. W moim przekonaniu w Bydgoszczy uniwersytet powstanie, ale to wymaga czasu. Trzeba rozpocząć nie od deklaracji, lecz od spotkań senatów, rad wydziałów o podobnych profilach, łączenia instytutów i zakładów międzywydziałowych oraz wspólnego prowadzenia kierunków. Jeżeli tego nie osiągniemy, to nie widzę możliwości powołania uniwersytetu.
Na pytanie dziennikarza czy WSP przestanie istnieć, jeśli nie powstanie uniwersytet w Bydgoszczy, odpowiedział tak: - WSP nic nie grozi. Nie przestanie istnieć i nie stanie się tylko wyższą szkołą zawodową. Jesteśmy wysoko notowani wśród uczelni pedagogicznych w kraju. Mamy wystarczajacą kadrę naukową oraz odpowiednie warunki materialne. Nasi pracownicy są wybierani do centralnych komisji i komitetów. Dowodzi to, że liczymy się w kraju…

Droga do Uniwersytetu była kręta i wyboista, inne uczelnie bydgoskie nie chciały rezygnować ze swojej autonomii i tworzyć jednej uczelni. Gazeta Pomorska w nr 51 z 1 marca 1997 już w nagłówku pisała: Uniwerku nie będzie.
- Uniwersytetu w Bydgoszczy na razie nie będzie - zadecydowały senaty trzech bydgoskich uczelni: Akademii Techniczno-Rolniczej, Akademii Muzycznej i Akademii Medycznej. Wojewoda zaś uznał sprawę utworzenia uniwersytetu za zamkniętą. (…) Niestety, idea utworzenia uniwersyteu zawisła w próżni. Jedynie WSP jest gotowa do zrezygnowania z samodzielności. - Wiemy, że utworzenie uniwersytetu do 1996 roku nie udałoby się. Ale senat uczelni ma nadzieję, że idea nie upadnie i uniwersytet powstanie do 2000 roku - powiedział Roman Leppert, rzecznik prasowy WSP. - Kolejny ruch należy do społecznego komitetu organizacyjnego. Przewodniczący społecznego komitetu organizacyjnego, prof. Henryk Gasiul, nadal jest optymistą: - Nie można rezygnować z idei powołania uniwersytetu, zbyt wiele Bydgoszcz może zyskać. Komitet nie zawiesi działalności. Być może, trzeba nam czasu i dystansu, by zrozumieć, jak ważne jest połączenie bydgoskich uczelni.

Po kilku dniach zareagował na to Społeczny komitet do spraw powołania uniwersytetu w Bydgoszczy wydał stosowne oświadczenie, w którym stwierdził, że: - (..) uniwersytet w naszym mieście jest oczywistą koniecznością rozwojową miasta i regionu. Idea uniwersytetu zostala zaaprobowana zarówno przez społeczeństwo miasta i regionu, w tym mocą uchwał Sejmiku Samorządowego i Rady Miejskej, jak i środowisko naukowe, mimo braku jednoznacznego działania organizacyjnego ze strony senatów ATR i AM. W uchwałach obu senatów zzakceptowano jednak potrzebę powstania uniwersytetu. Zachodzi teraz konieczność specyzowania konkretej koncepcji organizacyjnej wszechnicy bydgoskiej, adekwatnej do możliwosci i oczekiwań miasta i regionu. Społeczny komitet powołując Fundację Uniwersytetu Bydgoskiego dołoży wszelkich starań, aby idea uniwersytetu jak najszybciej zmaterializowała się w naszym mieście - dla dobra jego mieszkańców, a w szczególności młodzieży oczekującej zwiększenia jej szans edukacyjnych.

Wobec zaistniałej sytuacji WSP, miasto i Komitet nie porzuciły idei tworzenia uniwersytetu, szukano innych koncepcji i rozwiązań. Postanowiono realizować pomysł samodzielnego przekształcenia WSP w uniwersytet, poprzez stopniowy wzrost potencjału naukowego uczelni, popierany także przez władze miejskie (darowizny budynków, mieszkań dla naukowców sprowadzanych z innych ośrodków). Rok 1996 został ustanowiony rokiem Uniwersytetu Bydgoskiego przez Radę Miejską w Bydgoszczy, a koncepcja powołania uniwersytetu stała się jednym ze strategicznych celów miasta i społeczeństwa regionu.

Wkrótce powołano Fundację na rzecz utworzenia Uniwersytetu Bydgoskiego. W jej skład weszli: Wiesław Olszewski jako osoba fizyczna i przedstawiciel Skarbu Państwa, Ryszard Brejza, biskup Jan Nowak, Krzysztof Chmara, Stefan Pastuszewski, Jerzy Sulima-Kamiński, Eleonora Harendarska, Aleksander Grzybek, Henryk Gasiul i Marek Jerzy. Funkcję Prezesa Zarządu Fundacji objął Julian Ziemkowski. W 1997 r. Prezydent Bydgoszczy Henryk Sapalski powołał w Urzędzie Miasta pełnomocnika do spraw utworzenia Uniwersytetu Bydgoskiego.

Dążenia i działania prouniwersyteckie przybierały na sile i zataczały coraz szersze kręgi. Wsparcie dla powołania uniwersytetu w Bydgoszczy deklarowały kolejne grupy i środowiska. 27 stycznia 1998 r. opublikowano stanowisko parlamentarzystów, władz administracyjnych i samorządowych województwa i miasta Bydgoszczy w sprawie działań prouniwersyteckich, które jednoznacznie poprało dążenia WSP.
- Naszym zdaniem, Wyższa Szkoła Pedagogiczna - jako Uczelnia inicjująca i bazowa - winna czynić dalsze intensywne działania prouniwersyteckie, które niżej podpisani w pełni popierają. Władze Województwa i Miasta będą udzielać Uczelni dalszej pomocy, natomiast Parlamentarzyści zobowiązują się do podjęcia w stosownym czasie inicjatyw legislacyjnych w Senacie i Sejmie RP.

Sama uczelnia podejmowała szereg działań, by nie pozostać tylko uczelnią pedagogiczną. Wzrastał poziom naukowy uczelni, która zyskiwała kolejne uprawnienia do nadawania stopni naukowych doktora i doktora habilitowanego. 23 czerwca 1998 r. uroczyście zainugurowano działalność Muzeum Dyplomacji i Uchodźstwa Polskiego, jedynej tego typu placówki w kraju. Jego powstanie było możliwe dzięki przekazaniu darów przez Wandę Poznańską, wdowę po ostatnim konsulu. Podczas tego wydarzenia otwarto wystawę i zaprezentowano książkę: Karol Poznański - ostatni konsul generalny II Rzeczypospolitej.

Zadecydowano, że kolejnym krokiem do uniwersyteckości ma być przekształcenie WSP w Akademię. 6 maja 1999 r. grupa posłów wniosła do Marszałka Sejmu RP Macieja Płażyńskiego projekt ustawy o nadaniu Wyższej Szkole Pedagogicznej w Bydgoszczy nazwy Akademia Bydgoska im. Kazimierza Wielkiego w Bydgoszczy.
W uzasadnieniu czytamy: (…) Struktura Uczelni, baza lokalowa, stan kadry oraz oferta kształcenia w ciągu ostatnich trzech lat uległy gwałtownemu rozwojowi, osiągając stan umożliwiający ubieganie się o prawa uczelni akademickiej. Uruchamiając kierunki typowo uniwersyteckie, jak: biologia, geografia, psychologia, fizyka a także administracja, politologia czy lingwistyka, bydgoska WSP straciła charakter uczelni typowo pedagogicznej i dlatego wnioskujemy o przekształcenie jej w akademię o nazwie „Akademia Bydgoska im. Kazimierza Wielkiego”. Mówi o tym również wcześniejsza uchwała Senatu WSP w Bydgoszczy z dnia 20.01.1998 roku. (…) Uczelnia w chwili obecnej spełnia wymagania Rady Głównej Szkolnictwa Wyższego określające warunki umożliwiające ubieganie się o status „Akademii”. Jest także bliska osiągnięcia wymagań stawianych uczelni o charakterze uniwersyteckim, zatem starania o przekształcenie w „Akademię Bydgoską im. Kazimierza Wielkiego” mają charakter nie tylko formalny, lecz są w pełni umotywowane.

Po uzyskaniu pozytywnej opinii Rady Głównej Szkolnictwa Wyższego i komisji sejmowej ustawa została uchwalona. 7 czerwca 2000 Prezydent RP Aleksander Kwaśniewski podpisał ustawę o nadaniu nazwy Akademia Bydgoska im. Kazimierza Wielkiego.

Zmianę nazwy doskonale spuentowała Joanna Bujakiewicz w artykule Panna Akademia z Gazety Wyborczej z 1 lipca 2000 r.
- Przez kilka lat środowisko WSP zabiegało o to, żeby się rozstać z nazwą, która od dawna już nijak się ma do prawdziwego oblicza uczelni. I słusznie, bo co wspólnego ma lingwistyka stosowana, politologia czy psychologia ze szkołą pedagogiczną? WSP na naszych oczach jak ta brzydka panna, której nigdy nikt nie chciał, przeistoczyła się w całkiem interesującą partię do wzięcia. Czas, by dostrzegły tę zmianę także pozostałe uczelnie w mieście. Dotąd żadna z nich nie chciała słyszeć o mariażu z WSP i o wspólnym tworzeniu uniwersytetu. Rektorzy wszystkich trzech bydgoskich Akademii nie zgadzali się na ożenek. Tłumaczyli, że to z powodu niezgodności charakterów, ale tak naprawdę bronili się przed mezaliansem. Teraz może zmienią zdanie, bo Akademia Bydgoska to dziś już panna z wyższych sfer.

Reakcje środowiska akademickiego na zmianę były w większości entuzjastyczne, choć jego część miała niedosyt. O zmianie charakteru uczelni pisała m.in.: Gazeta Wyborcza w wydaniu z 8 czerwca 2000 w artykule: Wiwat Akademia, Pożegnanie z Wyższą Szkołą Pedagogiczną.
(…) - To szczęśliwy dzień dla naszego środowiska naukowego, które przecież zasłużyło sobie na tę nobilitację - cieszy się historyk z WSP prof. Adam Sudoł. - Jestem przekonany, że nadanie WSP statusu Akademii to wielki krok w kierunku uniwersytetu, który przecież jest naszym celem. Akademia jest tylko jednym z etapów na tej drodze. Być może teraz łatwiejsze okażą się rozmowy o integracji z innymi uczelniami.
- Nie identyfikuję się z WSP. Studiuję politologię, która przecież nie ma nic wspólnego z żadnym kierunkiem nauczycielskim - mówi Piotr, student trzeciego roku.
- Nazwa „szkoła wyższa” zdewaluowała się, od kiedy zaczęły jej używać rozmaite prywatne uczelnie, często niewiele różniące się od dawnych szkół pomaturalnych. To było krzywdzące dla nas – uważa dr Roman Leppert z wydziału pedagogiki WSP.
- To oczywiście bardzo dobra wiadomość, że możemy mieć Akademię, choć o wiele większa byłaby z uniwersytetu. Ale skoro inaczej być nie może, a z dążeń do uniwersytetu nie rezygnujemy, bo to wspaniała idea. Nowa nazwa jest świetna, bo nareszcie odzwierciedla prawdę o uczelni, która nie ma już od dawna charakteru szkoły pedagogicznej. - prof. Barbara Kaja, dziekan wydziału pedagogiki i psychologii.